痛风石是一种异物，它能引起局部的炎症反应，并可导致局部组织结构和功能异常。痛风石长期压迫和侵蚀骨骼，将导致受累关节畸形，甚至骨折，还可由此引发感染乃至危及生命。

通常关节腔内的痛风石要比皮肤上的痛风石出现早，沉积在关节腔或关节附近的痛风石可破坏关节，造成关节畸形，影响日常生活。巨大的痛风石造成患者不能穿鞋，行走困难。手足关节软骨是最容易产生痛风石的部位。形状怪异，触目惊心的痛风石可导致关节软骨的退行性变、滑囊增厚及软骨组织破坏和周围组织纤维化；晚期可以发展为关节僵硬和关节畸形，直接影响到患者的关节功能。关节内的痛风石使许多痛风患者最后不得不进行人工关节置换手术。否则，患者将因为痛风石导致关节严重僵硬和畸形，造成手不能拿、足不能行，形同残疾人。

痛风石可导致皮肤溃烂，引发骨髓炎，甚至导致死亡。由于局部痛风石不断增大，覆盖在痛风石上的皮肤就会不断绷紧而变得发亮、菲薄，一旦有外力摩擦和碰撞，很容易造成破裂和溃烂，并形成瘘管，可见白色粉样尿酸盐结晶流出。而皮肤一旦破溃，创伤部位往往不易愈合。尤其是位于足部的痛风石，因血液供应差及长期磨损，创伤愈合更慢，可导致活动障碍，甚至长期卧床，严重时需要截肢治疗。痛风石沉积处的皮肤破溃还常常导致外界与关节腔和骨的直接相通，从而导致骨髓炎，严重时还可能引发败血症或脓毒血症而死亡。

痛风石导致双手和双足骨破坏，第一跖趾关节和双手指间关节是痛风石最常累及的部位，这些部位的痛风石均可导致关节畸形和骨破坏。痛风石还可导致髌骨及膝关节畸形和骨折，髌骨和膝关节也是痛风石最常累及的部位。痛风石累及髌骨时，可以造成髌骨骨折，并长期难以愈合。痛风石累及膝关节时，可导致膝关节畸形，活动受限，最终患者不得不做关节置换手术。痛风石累及脊椎时会引起剧烈疼痛。痛风石可累及颈椎、胸椎和腰骶椎各节段。脊柱痛风石，既可累及髓外硬膜内，也可沉积于椎管髓外硬膜外，类似于椎管内占位性病变；也可发生于椎体、椎间盘、椎弓根，引起骨质破坏；还可沉积于小关节突出部位，破坏关节面引起椎管侧隐窝狭窄。痛风石累及脊椎时，主要表现为背部的剧烈疼痛和四肢麻木；严重者伴有发热，有时还可出现畸形、椎管狭窄和脊髓压迫症状。此症状易误诊为硬脊膜外感染、脓肿或肿瘤。颈椎脊髓病变较少由颈椎间盘痛风所致，如果一旦累及，可出现剧烈疼痛和神经压迫症状，严重者需手术治疗。肾脏中的痛风石可导致肾绞痛发作，出现血尿，还可因大量的痛风石阻塞肾小管，或巨大的结石阻塞输尿管而引起肾盂积水、继发感染、肾衰竭。心肌等重要器官上的痛风石可使心脏受损，出现传导阻滞，从而给患者带来致命的危险。